Nicht nur eine intakte Darmflora ist für die Gesunderhaltung bedeutend, auch die Vaginalflora spielt im Kampf mit krankmachenden Mikroorganismen eine entscheidende Rolle.
Im Leben einer Frau verändert sich die Vaginalflora mehrmals: Mit Eintritt in die Pubertät sorgen hormonelle Änderungen (Östrogen, Gestagen) für eine Anreicherung von Glykogen in der Scheide. Milchsäurebildende Bakterien zersetzen das Glykogen zu Milchsäure und sorgen für einen schützenden, sauren pH-Wert von etwa 4,0. Die Döderlein-Stäbchen (milchsäurebildende Bakterien) wurden vom Frauenarzt Albert Döderlein entdeckt. Es handelt sich vorwiegend um verschiedene Lactobacillus Arten, die individuell und nach ethnischer Zugehörigkeit in der Zusammensetzung variieren.
Das saure Milieu der Scheidenflora unterdrückt das Wachstum krankmachender Bakterien und Pilzen. Es schützt die Scheidenflora und als Barriere die Harnwege vor Infektionen.
Antibiotika, aggressive Waschlösungen oder Schwankungen der Hormone (z.B. Wechseljahre) können das Gleichgewicht der Vaginalflora verändern. Mit Eintritt der Menopause und der damit verbundenen abnehmenden Produktion von Östrogen verändert sich die Vaginalflora erneut: Der pH-Wert steigt wieder an.